Ну вот, значит, и работай с ней как с фигурой. В прошлом посте картинка есть, там в левой части палитры слоев такой розовенький прямоугольник - это у меня такой исходный цвет был. Туда тычешь, дважды кликаешь, а дальше всё на картинке нарисовано. А если фигура отдельно, как вектор, не нужна, то, как уже сказал Burn, совмести слои - тогда можно будет твой прямоугольничек обыкновенно выделять и перекрашивать, но он будет уже вклеен в фоновый слой. Если же он нужен отдельным слоем, то лезешь в меню "слои", выбираешь команду "растрировать" (или как там она в русской версии называется). Получаешь обыкновенный выделяемый/редактируемый прямоугольничек в отдельном слое.