Ответ: Можно и в Ворде преобразовать сноски (концевые) в обычный текст.
При импорте Word-файла в InDesign можно поставить галку в поле Include > Endnotes. Тогда концевые сноски преобразуются в простой текст, помещенный в самом конце, в значки сносок - в plain text-циферки, оформленные неким символьным стилем (Знак концевой сноски). Этим приемом можно воспользоваться для решения какого-то этапа вашей задачи.