Может быть окажется полезным. Буквально недавно, на протяжении последнего месяца, столкнулся с двумя абсолютно ничем не приметными просто текстовыми doc-файлами из разных источников с разным количеством сносок. Ни rtf, ни doc, ни docx - ни в какую не хотели импортироваться (пробовал разные версии - CS6–CC) - ни плейс, ни копипаст не помогал. При чем сноски слетали частично. Проблема методом тыка решилась установкой 2016-го Ворда (скрипя зубами) и пересохранением в нем файла в нативный docx.