Скорее всего проблема в стилях фрейма - по умолчанию в индизайне стоит Basic text (или graphic) frame.
Если планируется копипастить элементы верстки в другой документ ВСЕГДА надо ставить стиль фрейма None и только потом делать то, что хочется. Тогда проблем возникать не будет.
В противном случае после вставки верстки в другой документ параметры фрейма сбрасываются в исходные и может произойти все, что угодно.
Не по теме:
P.S. У нас классика жанра - "Рамки пропали, в исходнике есть, в верстке нет". Причина всегда была одна - Basic frame. Всегда - это с момента перехода на индизайн, еще на CS.