В XI можно выбрать сжатие во Flattener Preview. Результат соответствует выбору, если выбрать zip, то он и будет, jpeg тоже какой выбран. По умолчанию там тоже Medium.
Save Optimized из XI в версию 1.3 пережимает в JPEG с любыми настройками.
Выбираешь Retain или zip получаешь все равно jpeg medium.
Т.е. скорее не исправили, а дали возможность обойти.