Ответ: Однопиксельный инструмент.
Вспомнил что сталкивался с этой проблемой и что было решение. Действительно привязка Pencil'а к однопиксельной сетке в ФШ работает криво. В CS2 точно также.
Так вот, решение очень простое: вы настраиваете сетку на 1 пиксел (как дано выше), выводите ее отображение (Ctrl+') но привязку (Snap) отключаете.
Привязка к сетке работает только когда выполнены два условия: сетка отображается и привязка включена. Это позволяет вам ее вывести и использовать для визуального контроля без привязки инструмента к ней.
На самом деле привязка вам не нужна - вам нужно отображение сетки чтобы видеть куда вставится пиксел или линия. Настройте ее на 1 пикс, выведите, а привязку отключите.
Отображение тоже можно настроить так, чтобы оно не забивало рисунок: используйте Dashed Lines и какой-нибудь светленький цвет слабой насыщенности.