Тогда вероятно никак. Первое что пришло на ум, отключать видимость, обрабатывать рабочий слой, сохранять в новый файл. Потом открыть исходный файл, удалить рабочий слой и втащить через панель Layers содержимое из ранее сохраненного файла с треппингом как рабочий слой.