Не нужно ничего размечать цветом. Сразу в Ворде присвойте надлежащие стили, это можно по всему тексту сдалать поиском и заменой. А потом в ИнДи их надо будет просто обработать. Я вообще, если использую готовый шаблон, где стили уже есть, удаляю назначеные мною вордовские стили с заменой их на те, что есть в макете.