Не знаком с FreeFlow. Надо рыть его настройки ColorManagement. Хотя если тут такие чудеса, что и со снесенным профилем ...
Завтра попробую на Fiery. Но я как правило "пропускаю" PDF через драйвер. Как-то так по опыту сложилось, что лучше, Акробат сначала все заплющит, отпишется по сути PS и уже он отправится в РИП. А вообще в последнее время стало много косячных PDF (в основном из Иллюстратора, чуть меньше из Корела). Вот недавно нарвался на оверпринт белого. Акробат ПРО честно показал отсуствие белых циферок на красном фоне, а у клиента-то Акробат Ридер и циферки эти показывает.