Был у меня случай. Нормальный файл, проходил через принерджи. На выходе спуск, на вид и проверку тоже кошерный. Но после риповки арлекином переделывались даже шкалы.
Лечение: попинать оператора. Второй вариант, спуск прогонялся PDF-PS-PDF. Я уж в настройки его принерджи не лез.