Ответ: Substract from path area
Лучше всего вообще включить Exclude overlapping shape areas по умолчанию перед использованием векторного инструмента. Тогда все будет комбинироваться автоматически как в обычной векторной программе.
Что касается изменений логики операндов (суб-путей в данном случае) то как уже сказано выше есть 4 кнопки в панели свойств, которые это и делают. Кроме того, каждый суб-путь имеет Z-order, который влияет на комбинаторику, но нигде не отображается. Поэтому режим вычитания (Subtract) может не срабатывать, если выбранный суб-путь имеет Z-order ниже чем окружающие его суб-пути. Тогда его надо вырезать (Ctrl+X) и вставить - благо что ФШ вставляет в то же самое место (в конгруэнтных документах).
Сокращения: Add - клавиша "плюс". Subtract - клавиша "минус".
Можно сразу задавать нужный режим будущего суб-пути в процессе его создания: Alt - вычитание, Shift+Alt - пересечение (Intersection).