Ну, положим, проблемы данного файла решаются выполнением стандартного акро фикс-апа "Remove unnecessary transparency groups", причины же во включенном свойстве
knockout of
page-level transparency group.
Был бы фикс-ап, переключающий указанную галку, его было бы достаточно, но и без этого неленивые товарищи смогут добраться до нее самостоятельно, не говоря уж -
внимательно изучить освежить в памяти соответствующие разделы Руководства Пользователя -- описания в пределах справки программы Иллюстратор будет пока достаточно. (В котором (Иллюстраторе), галка снимается со слоя, если что).
В целом же, нахожу возникновение проблемы достаточно случайным, т.е. искусственно созданным обычным рукоблудием, царящим в многострадальной отрасли. Вот и создатели Акробата, предусмотрительно поместившие в список префлайт-проверок свойство "Transparency group is knockout", к нашей досаде легкомысленно посчитали, что работать указанная проверка должна на всех группах, но не на
группе уровня страницы. Впрочем, и в Иллюстраторе, переключение галки при выбранном слое выглядит несколько невнятно. (Это к вопросу ТС, как предохраняться. Защита от дурака -- задача сложная. Они делают их все лучше и лучше.)