Я понял, это не баг.
Предполагаем, что align как обычно top. Отступ от базовой линии - без разницы, т.к. одинаков для обеих колонок. Строки располагаются в соответствии с заданным интерлиньяжем, начиная сверху.
Я так понимаю, что ИД считает вEрхом объект, до которого "дотягивается" верхняя строка. Для левой колонки, целиком занятой фигурой, это будет сам объект, а в правой - верхняя граница колонки. Т.е. разные системы отсчета.
Дальше все просто. Если привязка к линиям отключена, совпадение строк в колонках может быть либо случайно, либо, если высота объекта кратна интерлиньяжу.