Причем, если в Grain есть просмотр в реальном времени, т.е. я сразу вижу, что получу на выходе, то NeatImage должен сгенерировать output file, а это длится указанные минуты
Ты не разобрался с ней. Такая возможность там есть. Выделяешь рамку и сразу смотришь результат в этой рамке. По поводу пакетной обработки - там как раз можно зарядить очередь файлов каждый со своими настройками, а потом пустить всю очередь на обработку. Можно настройки скинуть в профиль и применить его ко всем файлам. В общем возможностей море.