Ответ: настройка в PitStop - "marked content"
Здесь просто недосмотр разработчиков (или "английский -- не родной"). Удаляется не marked content, а marked content operators (иначе говоря, marking, разметка). Те или иные фрагменты содержимого страницы м.б. помечены особыми операторами, чтобы облегчить например поиск/извлечение контента тем или иным приложением. За подробностями -- в спецификацию формата.
Теоретически возможна ситуация, когда разметка, сделанная для некоторого приложения (например, плагином (в составе pdf-продьюсера), того же производителя) может кардинально повлиять на интерпретацию содержимого. Например, так наз. "слои" (правильнее optional content groups) в pdf реализованы через marked content, и если сделать "слой" невидимым в акробате от 6 и выше (или иллюстраторе и т.п.), то более старые версии акробата (а также РИПы и т.д.) покажут всё содержимое страницы как "видимое". Хотя, этот пример показывает и обратное: бездумное удаление marked content может также привести к печальным результатам