Мы вот тоже вручную файлы плёнок на УФ-лак компенсируем. Берём печатный лист, с точностью до полмиллиметра на глаз измеряем по меткам линейкой, измеряем по макету, считаем отношение размеров, масштабируем.
Есть случаи когда материал наоборот растягивается. Садится тоже всё по-разному — при чём один и тот же материал по разному в зависимости от сюжета и уровня акклиматизации. И вот после этой компенсации шелкографы потом уже могут посадить "по среднему" лак на изображение.
У некоторых струйников регулируется ширина прогона и его смещение — так в принципе можно выправить геометрию в продольном направлении, но это так, на вскидку. Не везде такой функционал есть, не факт что в этом проблема, но поискать попробуйте.