Не знаю, было или нет еще, заранее извиняюсь если было
В контекстном меню панели Data Merge есть команда Export to PDF. При ее использовании не создается документа InDesign, идет прямой экспорт в PDF - очень удобно при создании огромных документов в несколько тысяч страниц. Во-первых, сам merge осуществляется намного быстрее в принципе. Во-вторых, InDesign с с документами в 1000 страниц и больше начинает сильно тормозить, так что что-то сделать с готовым документом проблематично. И в-третьих - нет ограничения на 9999 страниц.
Да, понятно, что можно бить на куски и т.п. Но мало ли что бывает - недавно делал merge для 300 000 записей - пригодилось