Ответ: Всем кто пытается освоить InDesign с нуля. Вопросы из help'a постить ТОЛЬКО здесь.
У вас явно прописаны колонтитулы в секции "Numbering & Section Options" (нижняя строка меню правой мышью на палитре Pages (F12)). Там есть параметры нумерации, внизу — строка присвоения Section Marker.
И у вас сбилось всё. Кто-то вначале присвоил колонтитулам 1-й главы имя "Первая глава" (я утрирую), а на самом деле присваивается ОТСЮДА И ДО КОНЦА публикации колонтитул="Первая глава". "До конца"—значит "до присвоения иного имени".
Потом кто-то встал на первую страницу 2-й главы и присвоил колонам имя "Вторая глава".
И третья так же.
А потом в палитре Pages выделил третью главу и ПЕРЕМЕСТИЛ её всю в начало ВТОРОЙ.
У колонтитулов голова пошла кругом, у вас в результате каша.
Либо при стоянии на первой странице 2-й главы кто-то до вас перепутал и присвоил имени секции имя "Третья глава".
Либо кто-то, находясь на какой-то странице 2-й главы, пытался переприсвоить "Третья глава", а перейдя на следующий разворот, ужаснулся и заново переприсвоил "Вторая глава". Так бывает, если колонтитулы присваивать ДО окончания вёрстки. Автор вприпрыжку приносит судьбоносные добавления, без которых книгу "просто нельзя издавать", кто-то вставил текст, всё уплыло не под те секции. Этот "кто-то" шёл по разворотам и пытался наставить на путь истинный страницы, убежавшие из-под власти нужных колонтитулов. Те плакали и молча сопротивлялись, произнося про себя "тварь ли я дрожащая или власти имею" над бездумными верстателями, идущими на поводу у авторов в вопросе неулучшающих вставок после окончания всей вёрстки.
Иными словами, кто-то вставлял текст, но хотел и пытался подвести его в ту же секцию. Нажимал "Insert Pages" не внутри 2-й главы, в которую что-то дописывалось, а, к примеру, на стыке секций: разворот—слева колоны "Вторая глава", справа—уже "Третья глава". И вставка получилась такая:
- старый текст, колоны "Вторая глава";
- добавленный текст, "Третья глава";
- старый текст 2-й главы, "Вторая глава";
- старый текст 3-й главы, "Третья глава".
Вы бы прошли каждую полосу, нажимая по дороге "Numbering & Section Options".
Подсказками могут послужить следы: если внизу имена страниц имеют не просто цифровые значения NN, а вот такие: "Sec1: NN", то кто-то до вас ничтоже сумняшеся порезвился с секцией "Numbering & Section Options".
Зайдите в полосы и победите, при присвоении имён секций убирайте Section Prefix.
Ещё проще было бы ЗАНОВО переприсвоить имена секций в указанном меню "Numbering & Section Options".
Master Pages и стили каких бы то ни было заголовков совершенно не при чём.
И напишите версию программы.