Не знаю, нужно будет кому или нет (для пользователей старых версий): после обновления сборки Windows 10 до актуальной и сброса настроек Illustrator-а (удаление папки "Adobe Illustrator CS3 Settings") ножницы перестали вести себя по свински (проявлялось в отказе применяться на опорную точку и выводом окна с информацией о том, что необходимо выбрать опорную точку или сегмент). Еще я заметил, что в отличие от, например, инструмента "Direct Selection", ножницы не "подтягиваются" к точке (точка визуально не увеличивается), значит нужна большая точность при наведении, поэтому я переключил размеры точек и рычагов на максимально возможный в настройках программы. Возможно изначально я просто промахивался. Вот такие дела. Ну и задержка при обновлении окна навигации никуда не делась, обновление сборки в этом плане ничего не дало.