Пока выдал ошибку и не запустился из AEНе совсем понял как это у Вас сделано, AE никогда не пользовался. Попробуйте сделать запуск AI и выполнение .jsx из таким vbs скриптом:
В jsx файл пропишите для начала только одну строчку открытия файла.Код:Dim ErrRunning,AiApp Set AiApp = CreateObject("Illustrator.Application") ErrRunning = True On Error Resume Next Do While ErrRunning Err.Clear AiApp.DoJavaScriptFile "c:\ля-ля тополя\Script.jsx", null, 2 If Err.Number = 0 Then ErrRunning = False WScript.Sleep 200 Loop