Кажется понял глюк. У меня в Indesign по умолчанию стояло разбивать на 3 колонки текст, хотя сами примеры были на одну колонку побиты. Может это "умолчание как то привязалось к создаваемым текстовым блокам". Еще есть подозрение что на некоторых текстовых блоках была поставлена галочка "балансировать столбцы". Короче после снятия галочки и высталения по умолчанию создавать текстовые блоки на 1 колонку у меня теперь все отображается нормально.