Вы меня не поняли. Попробую подробнее.
Коли открытие и сохранение маттайпом файлов emf "лечит" их, то алгоритм вырисовывается примерно такой:
1. Распаковать docx
2. Открыть и сохранить все файлы emf
3. Запаковать обратно.
Я тогда понял, что первые 2 шага у вас получаются, а не выходит только третий. Его я вам и предложил помочь осуществить. Для него ни ворд, ни маттайп не нужны.