• Для типографии важно, чтобы с точки зрения полиграф технологии был грамотно сделан макет. Не важно в чем. Видел даже газеты А3 сделанные в Фотошопе.
• Перенос из Иллюстратора в Индизайн — вопрос изначальной целесообразности выбора того или иного инструмента.
Для многостаничных изданий — газеты, журналы, книги — где преобладает текст безусловно лучше Индизайн.
Для изданий в которых преобладает графика — Иллюстратор.
Часто используют связку Индизайн+Иллюстратор. Первый для верстки, второй для создания иллюстраций с последующим их помещением в верстку. А в ряде случаев можно обойтись просто средствами рисования самого Индизайна.
Резюме: не мучайтесь с переносами (по ходу сего действа точно косяков наделаете) из одного в другое и сдавайте то, что у Вас уже сделано.
В будущем — заранее выбирайте более подходящий инструмент(ы) для реализации идеи.